ウチでは取扱商材が「食品」なので、「商品名／賞味期限／FBAバーコード」を1枚にレイアウトしたラベルを作成＆プリンタで印刷して商品外装に貼り付けていますが、FBA納品でも販売でも支障が出たことはありません。
前職でDVDやブルーレイのジャケット作成に関わっていた際にバーコードの印字エリアが小さすぎて、倉庫によっては使っているリーダーが古かったせいもあり読み取りエラーが起きたことがありました。
「バーコード 作成 ルール」などで検索すると出てくると思いますが、サイズや線の太さ、余白の大きさ、使用可能な色などJANコードの印刷などでは決まり事がありますので、そこから大きく外れていなければ納品不備になることはないはずです。
FBA自体、商品によってはFNSKUバーコードラベルを貼っていないメーカーバーコードでの納品も認めているのでパッケージに印刷してあることが問題になることはないかと思われます。