日本正規品スマホを楽天から購入して出品してました。

どうも腑に落ちません。

楽天で購入して(仕入れて)Amazonで売って儲かるような「新品」のスマホってあるのでしょうかね。

しかも、「権利者から知的財産権に関する苦情が来る」ような商品。

Apple製品？ならどこで新品を買っても同じような値段でしょう。
Appleの新品は許可された販売店、セラー以外できないとと思いますが。

Apple以外のスマホならSIMフリースマホを販売する出品者は多数いると思いますが、その中で、知的財産権の苦情が寄せられるとは。どんなスマホなのでしょう。どのメーカーから苦情が寄せられたのでしょうか。
その商品は、他に新品を販売するセラーはいなかったのでしょうか。

楽天で購入と言っても、いわゆる「せどり業者」「転売業者」も多数いて販売される商品の仕入れ元がヤフオクだったりAmazonだったりするケースも少なくないので、「楽天で購入した新品」が「本当の新品」である保証はどこにもありません。

新品の出品に関して店舗や楽天で購入したものはアマゾンでの販売はNGなんですか？

もともと、昔は新品の出品について特に制限はなかったのですよ。ところが、
中古品を新品と偽り新品として転売する転売屋が横行したり、新品なのに販売日付が記入済であったり、販売元が小売店でないための「保証に関するトラブル」が増えたため、規約上「小売からの購入品はNG」という建前になっているのです。

ちなみに、販売した商品について購入者から保証について求められたらどのように対応するつもりだったのでしょうか。

新品を出品していたら中古として販売しろとメーカーから苦情が来た例として、次のようなケースがあります。同様のケースであれば、コンディションを新品から中古に変更すれば販売可能ですが、今回は知的財産権。扱いは違います。

出品申請承認後の出品でコンディション変更を求められることについて

いったいどのようなスマホを販売したら今回のような事になるのでしょう。