テクニカルサポートへ問い合わせをした結果、下記の回答でした。

マケプレプライムの対象外地域での配送設定ですが、出品者様で配送パターンをプライム配送設定にされている商品につきましては、
対象外地域においても、対象地域と同等の配送方法で送って頂く必要が御座います。
※配送パターンでプライム設定を行っている以上は、プライム対象外地域にしていてもプライムマークの表示が外れるのみとなっており
プライム要件での配送が必要となってしまします、分かりづらい仕様となっております事をお詫びいたします。

さらに下記の追記もありました。

また補足では御座いますが、お急ぎ便関連プログラム、マケプレプライムの配送方法において現在ご利用の推奨方法の一つとなっている
クリックポスト、ゆうパケットについては5月中にご利用ができなくなる予定となっております。

利用ができなくなる正式な日程が決まりましたら改めてアナウンスがございますのでもうしばらくお待ちいただけますようお願いいたします。

下記の内容はAmazon出品大学の「マケプレプライムを始めるには」の中の18ページ一部抜粋の内容でございますが、
既に仕様変更後の内容となっておりますのでお手すきの際にご一読いただけましたら幸いでございます。

Amazon出品大学の「マケプレプライムを始めるには」：https://s3.amazonaws.com/JP_AM/su/202063880.pdf

※正式な変更アナウンスがあるまでは、ご認識の配送方法でご利用可能です。

・仕様変更後の利用可能な配送方法
ヤマト運輸：宅急便、宅急便コンパクト、ネコポス、宅急便タイムサービス
日本郵便：ゆうパック、レターパック

クリックポスト、ゆうパケットなど安価な配送方法が選べなくなるのは、出品者側からしたら痛手ですね。