この評価がどのくらいビジネスに影響があるかわかりませんが、私としては納得できません。

Amazonで販売していれば、理不尽に評価を受ける事は珍しい事ではありません。
中古本を販売しているという事は、新規参入の方ではないような気がするのですが、
今までそういう評価を受けた事がなかったのでしょうか。

このようなケースは「Amazonあるある」です。尚、

私は、お客様都合の返品なので元払いで返送いただければ返金すると伝え返事を待ちました。

「元払いで返送いただければ」が条件になるような言い方はいけません。
元払い/着払いの条件をつけず、「返送いただければ返金します」が正しいです。

着払いで返送された場合は着払送料を差し引いて返金する事も可能ですが、
その旨をキチンと、なぜ購入者都合となるのかという点も含めて丁寧に説明する事が必要です。購入者が納得するかどうかは別問題。返金するのは出品者側なので、不満があれば
マケプレ申請どうぞと誘導。コンディション説明に明記されていれば、申請は却下される可能性が高いとは思います。ただ、出品者が健全性の観点からマケプレ申請自体を避けたい場合は強気な対応は控えた方が良いかもしれません。