Amazonの注文レポートはpurchase-date（受注時刻）順に並んでいるかと思います。
納品書も注文管理画面でソート順（並び替え）を変えられると思います。
注文日（昇順）でソートしてから納品書を一括発行すれば、注文レポートと近い順番になるのではないかと思われます。
それでも一致しない場合は エクセルやスプレッドシートにデータを取り込んで、納品書の並び順を検証して、自店仕様に合わせていくといいと思います。試行錯誤が必要です。

当店では荷造り順にデータを並び替えてから 送り状を発行し、宛名を探す時間を短縮しています。