＞以前、メーカーのバーコードを使用して10個納品し、販売中です。

混合在庫（FNSKUシール無し）販売なら、errorシステムが発生しない限りそのままでいいはずです

＞在庫を補充しようとしましたが、エラーメッセージが表示され、メーカーのバーコードが使用できないとのことです。

在庫補充は新たなSKU（FNSKU)でしか納品できくなったのかも？しれません、エラーの詳細がわかりません

FNSKUシール貼れば納品できると思います（この補充分はご自分で貼るかFCに依頼するかは自由）

＞もし、今回Amazon FBAのバーコードを使用して納品する場合、以前納品した5個の残りの商品はどうなるのでしょうか？

詳細な状況がわかりません

・混合在庫NG品になった

・JANが何かの理由で対象外になった・・・そのJANAmazon検索するとカタログ表示されますか？・・・それなら何もしなくていいと思います問題あればAmazon側が処置してくれるかもしれません・・・セラー責ではないからです

このようなことは体験したことがございません、ご不安ならテクサポにお尋ねください

当方が思っていることと違う回答が得られた場合は、こちらに開示していただけますと同じような方々のためにもなります