今まで申告はどのようにされていましたか？
自分が消費税の課税事業者か確認が必要です
申告額が少ないなら、消費税を簡易課税にすれば、補填額を売り上げに含めても影響はないと思います。（補填額が多くないとの仮定）

反対に、消費税が簡易課税とれないような売り上げがあるなら、もう税理士の仕事です。
詳しくは、税務署、税理士にご相談ください、アマゾンもパートナー紹介していたと思います。