投稿するか迷いましたが、同意見のコメントがなさそうなので、質問者さんには失礼で怒られるかもしれませんがあえて投稿します。率直な感想です。

私が驚いたのはむしろ出品者(質問者さん)の対応の方、特に言葉の表現です。

1.不良品を購入させてしまったというのに、謝罪の言葉から始まっていない。

「お手数をおかけして申し訳ありません」というのは、返品作業に係る文章であり、
不良品をお届けした事に対する謝罪とは受け止められません。
まずは一言目に「申し訳ありません」という言葉が出るのが普通だと思います。
不良品の申し出に対して、最初に謝罪の言葉があるのとないのとでは大違いです。
出品者の誠意を疑います。

2. 次の文章はかなり失礼な言い方です。

「返品をしないでお金だけ返して欲しいということでしょうか？」

読み替えれば、「よくそんなずうずうしい事を要求しますね」です。
相手をカチンとさせる、挑発的な言い方です。いわゆる「喧嘩を売る」言葉です。
熱くなる相手であれば、「何言っているんだ。不良品を送ってきたのはそっちだろ」という事になります。

3.さらに次の文章は出品者発送分としての出品者としての責任をAmazonに転嫁した上で、輪をかけて失礼な言い方です。

「アマゾンにそのままお問い合わせください。商品は捨てたけどお金を返してと伝えていただければ良いかと思います」

これを読み替えると、「私は相手ができないので、返金してもらいたかったらAmazonに連絡してください」と受け取られます。さらに、「商品は捨てたけど～」の部分は、
(物証がないのでいくらAmazonに訴えても却下されるよ)と馬鹿にしたような意がこめられています。

最初に謝罪の言葉がなく、喧嘩を売るような言葉の上、さらに馬鹿にしたような表現の物言いです。私が購入者なら、とても上から目線の対応だと感じます。

Amazonの規約上の返金は返品を受けての対応。手続き上まず返品を依頼するのはわかります。ただ、もし結果的に同じ対応をする事となっても、物の言い方により購入者の感じ方も変わってきます。

この投稿の文章からは、「本当に穴があいていたの？」という、購入者に対する疑いのまなざしが見てとれます。
「返品できないのなら返金しない」という判断は出品者次第でしょう。
ただ、購入者の言う事を嘘だと決めつける事はできないし、本当に穴があいていたら虫でも入っていたら気持ち悪いと思う気持ちもわかります。出品者側での検品もれの可能性や配送中の破損、生物混入のケースまで起こり得る。出品者が「穴はあいていなかった」と100%立証できる物証や根拠はない以上、まずは購入者の言う事を信じて聞く事です。

返金するしないの対応についての考え方は分かれると思います。私の場合、少額であれば時間や手間暇の無駄や低評価のリスクを考慮して返金に応じます。

ただ、どのような言葉をかけるべぎったのか。
質問者さんが、「袋を捨ててしまった」今回の購入者の立場に立って考えてみてほしいと思います。