「バリエーション解体」ということは、親ASIN削除ですよね。
SKUは子ASINに紐づいているので、削除されることはないかと思います。

再度組むときにSKUの入力欄に子ASINのSKUを入力する必要があります。
そうしないと、違うSKUが付与されます。