質問内容を拝見するに、どうもAmazonさんの規定と、日本の法律上の規定がごっちゃになっている印象を受けるのですが・・・

まず大原則として、古物商許可を申請するべきか必要が無いかは、日本の法律によって規定されているものであって、Amazonさんは関係ありません。

古物営業許可が必要な場合をカンタンに言うと、営業目的で古物を扱う場合です。単に自分の持っている本を売る場合は、必要ありません（営業目的で仕入れていないから）。

その前提でAmazonにおける古物商許可の必要性を考えると、小口出品であっても、営業目的で古物を販売している業者さんなら、必要ということになります。
逆に、自分の蔵書をたくさん処分したい人が、大口出品者として古本を販売しても、古物商許可は不要なのです。

というわけで、古物商許可の有無は、Amazonさんの関知するところではなく、セラー各自の責任において、日本国の法律を遵守し、必要性の有無を判断することになります。
ただ、一般論で言うと、大口出店で中古品を販売する場合は、ほとんどの場合が営業行為になると思います。

営業目的で販売するのであれば、古物商許可は必要になります。
Amazon規約は関係ありません。日本国の法律で必要と定められていることなので、法に従うのみです。

いや、これは無いと思います。
現に、中古CD取り扱い歴20年以上の業者さんが、真贋調査をクリアできなくて苦戦した事例がありました。その方は、当然のごとく、古物商許可を取得されていたはずです。
古物商許可を受けているからといって、有利に働くとは思えません。