バリエーション作成ツールのスクショをアップされていますが
バリエーションは

ファイルをアップロードしました。

ともコメントされていますが

実際は どっちでバリエーションを作りましたか？

カタログが消えるのは ASINが変わると 元のカタログは無くなりますが
消えたカタログと新規アップしたカタログのASINは 同じですか？
確認して下さい。

ASINが変わったという事で コメントしますと
元のASINに戻すと消えたカタログは 復活すると思います。

ただ ASINが変わると 元のASINに変えるだけでは 元に戻るか確信は持てません。

元々のASINを必ず調べて メモして下さい。
現在 アップし出品になってる商品のASINも調べてから
今アップされてる商品をDeleteし 元のASINの商品をアップすればいいと思いますが

ブラウズノードも変わって無いかも確認して下さい。
ブラウズノードが変わると バリエーションから外れる可能性があります。

他にも原因がある可能性もあるので
ファイル担当に 問合せ 原因を聞いてみた方がいいかもしれないです。

私の場合ですが ASINが変わった事を 教えてもらい元のASINへ戻した事があります。
Amazonのファイル担当は 優秀なので 電話で誘導してもらって下さい。