＞色々審査があると進んだ途端４９００円クレジット引き落としされました

間違って大口にしたのか？わかりませんが申し込んだ時点で課金されるシステムです

小口のつもりなら、大口機能使わないうちにサポートにお問い合わせください

＞アマゾンの倉庫に送るのも大変そう（バーコードなど手配）

大変なら、オクやフリマのときみたいに自己出荷でいいのではないでしょうか？

Amazonは個人間取引向きではなく、出品者自体が販売店としての立場認識が必要です

規定の不可品以外は返品受けなくてはなりませんし、出荷日/お届け予定など守らないとペナ発生方向です

＞個別自宅発送がいいのか？バーコード用意しアマゾン倉庫に送った方がいいのか

トピ主様の扱い品や数量もわかりません、中古品とのこと同じ状態は無いわけでしょうしFNSKUシール貼付けも必要です

中古ではなく新品（アマゾン出品規制許可品）であり/バーコード（新品混合在庫可能）であり/倉庫や出荷作業場所の管理ができない、のであれば・・・FBAでもいいですが保管料がかかり、自社出荷（自社返送場所）ではなくアマゾン倉庫返品（状態確認しない/お客様の言いなり返品返金）起こります

↑含め自己管理や自己出荷が可能なら・・・自宅発送でもいいかなと思います

セラーそれぞれです