通常、購入アカウントにセラーアカウントが付きます

別に個人用購入アカウントが取得できます・・・今回はこちらがprime会員？？

アカウント（メアド）は別登録（認識）になっていますか？
セラー販売用アカと購入用アカ（prime含む）が同じですか？
なら、注意が必要です

・セラーアカは最終販売９０日後し解約できないので
それの紐づき購入アカもその後？？

・別アカなら、購入専用アカ解約してもいいでしょうし
仕事購入ではなく個人アカで残しておいてプライム会員外せばいいだけです
（ちなみにセラー側のprime出荷とprimeビデオ・送料特典は別モノの認識だと思っています
prime出荷をセラー側で行なっている場合は、一応注意してください）

購入専用アカのprime会員登録
と
セラーの大口会員は関係ないはずです

アカウントが一緒の１個なのか？セラーと購入用分かれていて２個なのか？不明ですが
prime会員を外すだけでいいです

追記

prime会員でなくても、特典の専用特価・primeセール価格・配送特典・プライムビデオがなくなるだけで、普通に購入は出来ます
大口だろうが小口だろうが、販売セラーに関しては関係はないと思います