FBA納品のルールはAmazon側が“これをされると困る”事を禁止事項としてルール化していると思います。
一日に何千何万という荷物を受領しているセンターでは開梱作業の能率が落ちる段ボールを嫌います。

おそらくその筆頭が蓋部分が重なって折り畳まれ、中身の取り出しにくい「高さ調節された箱」だと思います。

MAYU1様も仕入れた商品を受け取った際に高さ調節された箱に入ってくると扱い難いと感じた事があるのではないでしょうか？

まず、とめてあるテープをサイドの部分までしっかりカッター等で切らないと蓋が開きませんよね。
この時点でAmazon的にはウザい箱扱いです。

普通の箱の場合、Amazonの受領担当のスタッフさんは蓋のセンターの合わせ目にサーッとカッターを当てるだけで後は蓋をパンパンと跳ね上げて少し強引と思えるくらいに開けていきます。
丁寧にH貼りされている箱もサイドの部分を端から端までカッターで切る事はせず
ほんのちょっと両サイドに切れ目を入れる程度にカッターを当てるだけでガンガン開梱します。

この作業は荷降ろしのドライバーさんがローラーコンベアの上に荷物を次々に流した
そのすぐ先のスペースでコンベア上を荷物が流れながら行われています。
ですので、開け難い箱があってそこでコンベアの流れが止まれば全体の作業も止まります。
トラックのドライバーさんも荷降ろしの手を休める事になります。

更に開梱された先では商品の取り出しと検品が行われるのでしょうが
高さ調節された箱は蓋の部分が重なっていて大きく、しかも途中で折れ曲がっている事から普通の箱の蓋のようにきれいに開かず、中身が取り出し難い。

MCDan様が、高さは調節しても普通の段ボールのようにセンターで蓋が合わさる（重ならないようにする）ように加工した箱は作業効率は落ちないわけですからAmazon的には文句は言わないと思います。

受領スタッフによっては一旦コンベアから外して他の荷物を流し終わった後の余裕がある時に開梱して受領してくれる場合もあるのでしょうが、これは運次第ってことですね。

「高さ調節の箱は納品に使わない」というルールがあるのですからルールは守りましょう。
その箱によって作業効率が落ちているのに「受領が遅い」なんて文句は言えないですよね。