反映にほとんど時間差はないと思われますが、対象となる注文が異なります。
実際に支払われる金額はスマホの方です。
法人等の請求書払いの注文はPCには計上されますが、スマホには計上されません。
PCのデータとスマホのデータが一致するようにするにはPCの方でペイメントの方で確認できます。
合計残高の通常の注文（スマホと一致）、保留中（請求書払いの未払い分）、すべてのアカウント（PCの残高と一致）
FBAはやっていないのでFBAの通常の販売手数料ではなく、在庫の保管料等がどのように表示されるか知りませんので、その部分に関しても差があるかも知れません。