トピ主さんこんにちは
変なことをお聞きするかと思いますが、ブランドレジストリで登録したアカウントと
実際に出品しているアカウントが違う、というようなことはないでしょうか？

というのも、恥ずかしながら実体験で、セラーセントラルからブランドレジストリへ行かず、購入用アカウント（出品アカウントとは別で、このアカウントからは出品出来ない状態）でブランドレジストリに登録→そのままブランド登録して承認済みとなったものの、この状態だと出品時のアカウントとブランドのデータが紐づいていないため、その登録したブランドでの出品ができませんでした。

ちなみにそのあと、ブランドレジストリのサポートに、「これこれこういう事情で購入用アカウントでブランド登録したが、出品アカウントが別にある。出品アカウントでこのブランドを使いたいので紐づけをお願いできないか」という旨をお伝えした後、ブランドについては紐づけをして頂きました。（当店の場合はブランドレジストリで登録したメールアドレスと、出品用メールアドレスが同じだったため、その旨も記載しました）

もしかしたら同じような理由があって、お困りではないかな？と思いましたが、もし違うのであればお役に立てず申し訳ありません。