継続的に販売している食品はFBAでツールを作るのは難しいと思いますよ。

外部パーティーの物ではありますが、ここでは記載できません

APIでFCごとASINごとの消費期限は取得できました？

「継続的」というポイントですが、毎回在庫が切れてから補充をするのであればFBA在庫の消費期限はひとつですが、常に無くなる前に補充するという形の場合、FBA在庫の消費期限はひとつではないですよね。
FCごとに在庫は先入れ先出しだと思いますが、FBAに納品した商品はamazonの販売予測？によって各地のFCに再配置されます。
大阪に古い商品が残っていても、東北のお客様から注文が入れば関東のFCから出庫されると思いますので、全体で見ると一番消費期限が短い商品から出荷されるわけではないですよね。

商品アイテム数が少なければフルフィルメントの在庫スナップショットをウオッチしながら荷動きを追うこともできるかもしれませんが、amazonからアラートが来る前に、特定FCの特定商品の返品依頼をかけることはできるのかな？

「セラセンに賞味期限の自動通知機能があるかどうか」

amazon内の在庫管理システムでは管理されているでしょうが、「在庫スナップショット」を見てもFCごとの在庫数は確認できますが、在庫の消費期限の表示は無いと思います。

弊社の場合、以前一旦全FCの全在庫を戻して確認をしたことはありましたが、通常はamazonから「販売不可在庫」の通知があった商品を自社倉庫に戻し、別のところで在庫処分をしています。

FCごとに古い在庫を戻してくれという依頼の仕方をご存知の方いらっしゃいますかね。
Tadさんは食品じゃないが、頻繁に商品の入れ替えをされているので何かご存知かもしれない。

追記、
amazonの場合、倉庫が1ヶ所ではないので在庫の保管状況は様々でしょう。
弊社の商品で脂分の多い商品は夏場になると保管場所か輸送途中のどこが影響しているかわからないが、温度の関係で脂分がやや緩くなることがあります。
その商品を販売会してから何回か、お客様から「なんでクール便で送ってこないんだ」とクレームされました。
FBAなので「amazonに言ってよ」と思いますが、「クール便の送料も払っていないのに、なんでクール便で届くと思うんだよ」とは言いませんが。