当方の憶測で解釈した、コメで失礼します

詳細説明がないので
・コンビニ決済外しましたか？（このような時の対策でいつもコメしていますが基本１週間前に外さないと出荷予定日も違いますし休業中出荷なんて）

商品は１種類ですか？多品種ですか？
・カテゴリやセラーにより、１営業日以内出荷・２営業日出荷・セラーリードタイム設定、等あると思います（全商品が同じとは限らないの意）
ama障害（今回は聞いていません）でなければ、セラー―側の設定ミスなのかもしれません
気にはしたことありませんが、受注時間帯設定もご確認ください

大量・多品種の場合、ＵＬでリードタイム設定行なっても、必ずしも全商品（何千何万）がスムーズに変更されるとは限りません
一部ネット専売量販店は（社員の一斉休暇・休暇中の問い合わせを極力なくす、為にも）
リードタイム設定せず、停止にして休業に持って言っております
精神的にもゆっくり休めるそうです（電波の届ない無人島もＯＫとか）

当方も今のように簡単仕組みがなかったころ、
確かポイントだっかか？四捨五入でなく五捨六入とか・省かれた行も出ておりました

キャリア決済やコンビニ決済も起こります
ご存じのように23：59：59の注文と0：00：01の注文でも異なります
過去経験上、余裕を持った設定を当方は行なっております

で、今回のミスの原因は判明したのでしょうか？
ama障害もあるかもしれませんが、殆どセラー側の勘違いや設定ミスの可能性が高いです
原因分かっておればいいですが、今後の対策につなげてください

リードタイムも戻す作業や、出品戻しタイムラグに時間がかかる場合もございますが
一回だけ停止したこともあります
その後年は、日付の並び方がいいのか？何も設定しなくてもスムースに営業できておりました