商品名は同じですがJANコードが違うので返品しますと連絡が来ました。

出品と発送、在庫のJANコードは一致しておりました。
また仕入れは卸様より仕入れており、間違いございません。

商品ページのJANコード＝送った商品のJANコード＝在庫のJANコードすべて一致しております。法人のお客様の言われるJANコードの商品は当方では扱いがないのです。

お客様が「違う商品が届いた」と言っていて、スレ主さんは「そんな事は絶対にありえない」と言うのですから、返品は受けて(着払)、違うといっている商品を確認するのが先決でしょう。但し、もしお客様の勘違いであれば購入者都合として処理せざるを得ない旨は言っておく事です。

正直、購入してJANコードを確認するとかって普通のことなんでしょうか？

いやいや、全く普通ではありません。普通の購入者ではない(競合相手によるいやがらせの)可能性もあるし、後述のように生産側の転売監視のためのテスト購入の可能性もあります。

普通の購入者は、
「商品が違う」理由で返品を申し出る事はあっても、(外装や中身が同じであるにも関わらず、つまり商品が同じで)JANコードだけが違うという理由で返品する事はまずあり得ません。

普通、購入した商品について「この商品のJANコードは何だろうな」と調べますか？また、特定のJANコードの商品を購入したいのであれば、JANコードで検索するのが普通ではないですか？商品名や型番で検索して購入したにも関わらず、購入後に「JANコードが期待していたものと違う」という言い方は、明らかにおかしいです。普通の購入者の挙動ではありません。外観が違うのなら、次にJANコードを調べるというのは自然ですが。

商品ページと発送商品、在庫は同じJANコードです。
お客様が当方には存在しないJANコードを言われてるので・・・。

可能性としては、

1. 出品者の発送手続きでの手違い(購入者の言う事が真実)

2. 購入者が商品を確認する目的でテスト購入
   商品が同じでも流通経路により型番やJANなどを分けている可能性があります。(例:通販限定など) 通販限定の商品がAmazonで販売されていた場合など。生産側が通販からの転売を監視する目的でテスト購入するケースもありえるかもしれません。

3. 競合出品者が競合排除のいやがらせの一貫としての購入、返品。あるいは別の商品と入れ替え

1,2の場合は届いた商品のJANコードが異なっていた事が真実の場合
3.の場合は、悪意により商品を差し替える前提での返品申し立て。

まだあるとは思いますが。

可能性としては 1.の「購入者の言い分が間違っていない」も捨てきれません。いずれにしても、商品現物を見なければ何とも言えないので、早く商品を返品させて現物を確認する事です。あとは届いた現物を見てから。

本当に「同じ商品でJANコードが違う商品が流通している」場合、いやがらせやそうでない場合も含めて対策を考える必要があるかもしれません。