表現が正確でない/誤解を招くようなので、できれば補足説明をお願いします。

「商品は段ボールに入れていますが、納品書に追加していなかったのですが」

まず、出品者出荷で購入者への発送か、それともFBA納品か。

「納品書」という言葉から出品者出荷を連想してしまいますが
出品者出荷の場合の納品書は印刷するもので、「追加」するものではありません。
「納品書を入れるのを忘れた」という事はよくあり得ると思うのですが、そういう表現でもない。

では、FBAのケースで、納品プラン->納品作成後、段ボールに入れて発送した後、商品を入れ忘れた事に気付いたのか。

よくあるケースです。こちらの方が文脈として自然で可能性が高いと思われるのですが、FBAでは「納品プラン」または「納品」はFBAの納品単位として使う用語であるものの、「納品書」ではない。単なる「納品」または「納品プラン」の間違いでしょうか？

そして、「段ボールに入れている」とありますが、発送済なのか、まだ手元にあるのか。

そこらへんの説明を補足してもらえれば回答は得られると思いますが、
今のままだと表現が正確でなく意味が不明瞭なので回答しずらいと思います。