>数量しか変わらないのに、JANコードが違います。

これは当たり前のことです

システム的には　AMAZONのカタログはJANコードをキーとしているので

同じキーで　数量違いのページは作成できません。

なので、バリエーションの1個と3個のページでJANコードが違うのは当たり前のことです。

またJANコードのルール的には

1つの商品に対してJANコードが割り当てられているので

3個とかの商品では、メーカーがわざわざ3個セットの商品を作り、JANコードを割り当てない限り

3個の商品にJANコードは存在しないはずです。

おそらくカタログ作成者が適当なJANコードを割り当てているかJANコードなしでカタログを作成しているかのどちらかのパターン

＞JANコードが違えば出品はできないのでしょうか？

出品はできます。（自己責任で　適当なJANコードかと思われるので、カタログ削除のリスクもあります）

テクニックだけの問題です。

JANコードがわからない商品に対して、セラーセントラルや、出品ファイルのアップロードなどで、

どうやって出品手続きをするかだけの問題です。