適格請求書の以前は明細があったのですが、現在はないようですね。

数値は一致しません。

単純に対象となる注文が異なるからです。

適格請求書は全て発送日ベースの手数料です。

レポートやペイメントは基本的には発送日ですが、請求書払いの場合には購入者が支払った日にペイメントに計上されます。

一致させるには前月の請求書払いで今月支払いのものを引いて、今月注文の請求書払いで未払いのものを足せば一致するかと思います。

微妙に数値が違うなら説明通りです。

大幅に違うなら根本的に何か誤解しています。