倉庫で小箱から 商品を1つ1つ開封させるのですか？
倉庫で小箱にバーコードが無かったら シール無しの納品不備にもなるような気もします

小箱も含めた商品にして 小箱にバーコードを貼ればいいと思います。
小箱も含めた商品にするには、その小箱が無地である必要がありますけど

何度か購入したメーカー品ではないスマホケースや液晶保護シートが
無地の小箱に入って その小箱にFBAバーコードシールが貼ってありました。

無地でもバーコードで 倉庫では商品は認識されますから問題ないと思います。

ちなみに無地の小箱に バージンシールが貼ってありましたよ。
これで開封未開封を選別してる気がしました。