原価は関係ないでしょう。
価格追従ツールを使用して価格を自動変更に任せたのは出品者の責任です。

キャンセルするなとは言わないまでも、購入者に対して謝罪した上で「キャンセルの理由説明」は必要でしょう。謝罪も説明もなしにキャンセルされたら怒るのは当然。

出品者として誠意を見せるのであれば、低評価に対して削除で対応するのではなく、
低評価を自分のミスとして受けとめた上で、返答にてキャンセルする理由を説明すべきでした。

謝罪もなく無断キャンセルの上に購入者のつけた低評価を削除。
せめて低評価でぶつけようとした購入者の怒りの矛先を削除してしまった。
これでは購入者の怒りを買うのは当然。

できる事は誠心誠意丁寧に謝罪を尽くす事。購入者からどんな暴言を受けようと、
正面から受けとめて何度も謝罪する事。
気持ちのこもっていない謝罪は「誠意」にはならず、相手には通じません。

相手がクレーマーだったらという可能性を考える前に、これまでの対応は「悪い出品者の見本」のような対応をしてしまったので、購入者から見ると「悪質購入者」と思われても仕方がない。

低評価は甘んじて受けるべきで、削除すべきではなかった。
削除を取り消す事ができるのなら、出品者の反省と誠意の表れとして取り消すべき。

購入者としては満足する事はないでしょうが、出品者ができる限りの誠意は示すべき。

購入者は「差額分」「損失分」としての金額のギフト券を要求していますが、それに応える必要は全くないでしょう。
ただ、今までの対応を考えると、「謝罪の気持ち」として少額のギフト券を贈る事は選択肢としてあり得るかもれません。ただ、対応の可否についてはサポートに要確認です。