お察しいたします

同様の対応（Amazon側の算出に了解しているので）はしたことございませんがコメント失礼いたします

＞こちらのポリシーの下部に記載されている

【注文後の紛失または破損の場合】は

破損・紛失商品の返金ポリシー

こちらは倉庫内でのAmazonが補填することを言われていると思います

今回は

＞購入者から開封済み・破損有の状態で返品されたがAmazonシステムの判断により、全額返金が実行＜

購入者返品なので別の補填ポリシーになるかと思われます

・補てん額は、商品が紛失または破損したのが、購入者（お客様）が注文した前か後かにより、算出方法が異なります。

・商品の原価を販売事業者に返金します。これは、Amazon、またはAmazonの委託先での処理にかかる紛失および破損に関する申請についても、適用対象となります。ただし、販売不可商品の返送/所有権の放棄に関する申請については、商品の原価から割り引いた金額を返金します。その割引額を決定するために、Amazonは販売事業者に追加情報や書類の提出を求める場合があります。

販売事業者において、在庫の不備と補てん（仮称）ポータルの原価の管理ページから商品の原価を入力することも可能です。原価の入力を希望されない販売事業者においては、Amazonが独自に算出した原価を使用します（当該見積額は同じページに表示されます）。商品の原価を作成するにあたっては、Amazonや他の販売事業者、他の卸売経路で販売される同等商品の原価を参考に算出します。

注: 「原価」 とは、製造業者、卸売業者や再販業者などから商品を調達するコスト、あるいは製造業者である場合は製品を生産するコストを指します。これには配送、取扱い手数料、関税にかかる費用、またはその他の費用は含まれません。 販売事業者が自己の原価を提供することを選択する場合、提出済みの金額を証明するために追加書類を提出することも可能です。 原価を証明する証拠として提出可能な書類の詳細については、原価の管理をご覧ください。

・以下の場合、提出された原価を却下することがあります。

注文後の紛失または破損の場合 （購入者返品に対する補てん申請が対象になります）

＞Amazonが購入者の返品に対する補てん申請について補てんする場合、FBA注文で購入者に対して行われた返金または交換に基づいて該当の補てん額が算出されます。 AmazonがFBA注文の商品に対して返金または交換を行った場合、元の注文の販売価格、返金額または交換商品の価格から、適用される手数料と消費税を差し引いたものが補てん額として算出されます。

商品の評価に同意しない場合は、返金が行われてから60日以内にセラーセントラルの お問い合わせ から保証申請を提出できます。

AmazonFC内の補填か、販売後のお客様返品不備の補填（証拠画像等要）か、により異なりますので

今一度整理して申請し直すことお勧めいたします