着いている旨を伝え、追跡番号を教えてあげてください。
ポスト投函であれば、お客さんが見落としてチラシなどと一緒に捨てているケースがよくあります。

もし目論見が詐欺であれば不着を理由にマケプレ保証を申請してくるでしょうが、
最近は正当な根拠をもとに異議を唱えれば、理不尽なマケプレ申請も結構弾いてくれます。

なので、事実を淡々と説明するだけでOKです。
追加の保証を考えたり、下手に出て謝る必要もありません。
到着商品の紛失はセラーに責はなく、100％お客さんの過失であるからです。

追記：
これ、郵便局留めですか？お届け先住所を確認して下さい。
郵便局留めで受け取っておきながら「着いていない」という理屈は通りません。
その場合は間違いなく不着詐欺なので、強気に対応して下さい。

どこまで対応してくれるかは分かりませんが、郵便局にも確認を取るといいでしょう。
不着詐欺の常連ということであれば、監視カメラ映像などの協力も得られるかもしれません。

すでに西瓜直売処様、Shiny HK様がご案内されていますが、セラーとしてはある程度テンプレ対応できる案件と思われます。

対応例：
１．郵便局へwebから、荷物の調査依頼が出せるので、申請を出す（問合せ番号がもらえます、所要時間30分程度）
２．お客様へメール「こちらでは●月●日に、到着を確認いたしました。追跡番号、問合せ番号を送るので、お客様からも郵便局へご連絡お願いします。郵便局の調査結果は1カ月程度かかる可能性があります」※調査期間の長さから高確率でマケプレ申請の可能性
３．郵便局から連絡がきたら、お客様へ連絡。その間、マケプレ申請が来たら、追跡記録を全てAmazonへ添付。

弊社の場合、実は誤配されて隣のお宅のポストに入っていたという連絡が1週間後に郵便局から来ましたが、マケプレ申請後4日程度で、Amazon補填（セラーからの返金なし）で決着した事例があります。

追跡記録に「お届け済」の記載があると、現状のシステム上、セラー側はあまり心配せずに淡々と処理できます。