禅問答のような質問ですね。

一回読んだだけでは何の事かわからない。

回答を求めるのであれば、もう少し状況がわかるように、時系列、購入者/出品者のどちらの発言かをかかるように説明した方がいいかと思います。

「何か問題がありましたか」という文面は、明らかに、「何らかの電話/メッセージに対する返信」だと想像できます。

例えば、電話に着信があってすぐに切れた場合、連絡が来る予定がありそうな状況であれば、
発信元が確認できなくても心当たりのつくところに「何か用があった？」と電話をかける事はよくある話です。

もちろん、これは出品者が連絡していなくても購入者が「誤解した」というケースです。

また、他の注文と間違えて質問者さんに対して「誤解して」連絡したのかもしれません。

少なくとも質問者さんが「何か問題がありましたか」という連絡を受ける心当たりがないのであれば、

「出品者から特にご連絡差し上げていませんが」・・・と連絡していない事を断った上で、
「何か御用の際はメールの返信にてご連絡ください」と返信すればいいだけです。

購入者が連絡先を間違えていた場合は気づくはずです。

その後繰り返して「何か問題がありましたか」という同じ内容のメールが来るのであれば、
いたずらなど悪意の場合も考えられるので、
「ご注文に関して特に問題はありませんが、御用は何でしょうか」と定型的に返せばいいと思います。

あまり悩む事ではないと思います。