同じようなショップが複数あるので特定できませんでしたが

こちらはサポートではなく同じようなセラー通しの集まりの場所です詳細内容はわかりません、トランザクションみてわかりませんか？簡単確認は現在の合計残高クリック/過去の決済期間選択/この期間トランザ確認、で詳細わかると思います

・大口費用（月１回同日請求）：￥5390又は＄39.99の可能性は？小口でしょうか？

・FBA販売行なっていますか？

毎月同じ額ですか？期間売上利益下回っておりますとクレカに請求発生します、請求日と決済日のズレはいかがでしょうか？