①商品に貼るSKUラベルが12枚
②箱の外に貼る、住所が書かれたラベルが12枚

のどちらでしょうか？

1箱当たりの入り数を3にして、納品プランを作り直します。
商品1個ごとに1枚SKUラベルを貼って、輸送箱にする別の大きな箱を4個用意して入れます。
住所が書かれたラベルは4枚発行されるので、輸送箱にする別の大きな箱1個に対し1枚貼って、
4個口にして発送します。

12商品×1ケース×3をまとめたいなら、
1箱当たりの入り数を36にして、納品プランを作り直します。
尚、輸送箱のバンドルは禁止事項です。