FCでのコンテナのデバン作業は基本的にNGだと思います。

というのも、Amazonさんの受領スタッフさんは基本的に
入荷してくるトラックの荷台に乗り込む事を禁じられています。

FCの荷受のプラットフォームに降ろされた荷物は倉庫内作業ですが
トラックの荷台に乗っている荷物はまだAmazon側に引き渡された物ではないからだと思います。

ですので、コンテナ輸送のドライバーさんがコンテナ内の荷物を
プラットフォームまで全て降ろしてくれるのなら可能性があるかも？

しかし、コンテナ輸送のドライバーさんは運ぶだけで
コンテナの解錠や荷降ろしは一切しないのが普通です。
ロックを開けて荷物を取り出すのは受取人がする事ですから
今回のようにFCに直接到着した時に受取人であるトピ主さんがFCにいて
コンテナを開け、受け取りのサインをしてドライバーに渡さなければいけないですよね。

FCへの納品も予約が必要で、コンテナが予約通りにFCへ到着しなければなりませんし
上記のように誰が荷物を受け取るの？荷降ろしするの？という問題もあります。
これらを全てクリア出来れば可能性はあると思いますが・・・

また、荷物の荷姿の確認も必要です。
ケースのサイズや重量、バンド掛けNG等々、FCへの納品基準を満たしているのか？
そもそもそれぞれの荷物にFBA納品の配送ラベルをどうやって貼るのか？

コンテナの発送元にこれらを全て問題が出ないように依頼しなければならないですね。