私も経験はないですが…
商標登録した屋号とセラーアカウントの屋号が一致すれば後は大丈夫だと思います。
もしかしたら、何かしらの関係を証明する資料の提出はあるかもしれませんが、

donki-amaさんの仰る通り何とかなると思います。
商標登録を持っている屋号とセラーアカウントが違うと面倒なことになると思います。
アマゾンで面倒なことになる＝半年以上寝かされる又は取れない可能性が高くなります。