全ては送付者の責任で賠償又は再送付するべきと思います。
私はこのような方式でやっている商品もあります。
商品価格に送料が上乗せされる訳ですがそれでは買う気にならん場合の商品もありますね。
自社出荷ですので送付事故の責任は送付者が取ればなんの問題もないですね。
平たく言えば、送付に関する全責任は販売者にあるのは当然ですね、どこにどうやって送ろうが送付の方式の選択は全て販売者にある・・・・・・これは動かないですね。
たとえFBAであろうが何であろうが送付の責任は販売者にあってFBAは単なる代行者と言う考え方です。購買者には何の落ち度もない訳ですね。

購入者、送付者、お互いに勘違いや間違いは起こります。
不着、数量不足、等々は良くある話ですが1％未満の確率の様です。
その時は、事実関係、調査は後回しにして直ぐ再送付が重要と思いますが・・・・・・・。
その分を送料に上乗せして販売をすれば何の問題もないですね。
700円～1000円の商品を販売するとすれば２００円程度の送料を設定するんですが、梱包費、包装費、送付手数料、蔵出し費、送付自己積立金、を含めて送料とします、と送付のメッセージに書いておけばなんの問題もない訳ですね。
送料定額制、（数により料金は変わらない）2500円以上は無料（こちらは追跡あり）と言う様な設定
ではいかがでしょうか？

物の大きさ、重量、商品の金額にも関連しますので一概にはいかないんですかね？

稀に80円切手で200円も取るのはケシカランと言う人もいらっしゃいますが1/1000程度ですかね？

アマゾン方式にドップリとつかり、いつの間にか、当たり前の感覚がマヒしてしまうのは恐ろしい事ですね。