TOPページでカート取得していたのか？自社のみ出品者なのか？

ひと手間かけないと購入できないのか？状態がわかりませんが

そういう仕様のため（カート取得権限が無いだけなのか？新品クリックまたはAmazonの他の出品者からの購入ボタン経由のことを言っているのか？）対応方法はございません

カート取得権限のことを言われているのなら、Amazon開示はございませんのでFBA参加するなり実績を上げるなり、このフォーラムに多数質問がございます検索して参考にしてください

小口大口というより、自社製品で競合がいなくても必ずカート表示がされるとは限りません

憶測ですが：大口の時カート取得されていた状態だったが小口にしたらワンクッションになったということなら権限が外されたものと思われます・・・大口に戻せば表示もどるかも？しれませんが必ず戻るとは限りません・・・そういうシステムです、競合店がいないのでしたら気にしなくてもいいと思います