興味本位の質問となりますことご容赦ください。

Amazonで自社出荷する場合、追跡番号なしでは、注文者のやりたい放題になるリスクは充分どころか、たっぷりあります。
確かに、一昔前は、ご家族が受け取っていた（郵便受けから取り出していた）とか、ドアポストに投函されたままとか、後から「受け取っていました」というケースが殆どでした。
が、最近は受け取っていても、証拠が無いから「受け取ってない」と言っているのでは？と感じるケースもあります。
追跡番号の無い発送方法の物を狙い撃ちしているのかも知れませんし、転売ヤーやら日本語をマザータングとしていない方達やら、隙あらば「届いていない」申し出で無料でゲットしようという人がじわじわ増えてきているように感じます。Amazonの御蔭で・・・。
結論としては、Amazonで追跡番号の無い発送方法は採用するべきではないということです。

【「お届け先にお届け済み」と履歴され商品が届いていない場合は、店に問い合わせるより配送会社に追跡番号を知らせ届いてないよ。と、伝えるのが普通】では無いようです。
当店にも、「それは直接運送屋さん（あるいはメーカーさん）に聞いてもらった方が早いですよ」というようなことで、お問い合わせやクレームが増えています。
購入者が発送方法や運送業者を選択できるなら、「追跡番号の無い方法を選んだのは、あなた様ですから、届かなくてもそちらの責任です」と言えるかも知れません。
或いは、商品の初期不良のようなクレームでも、メーカーが補償するにしても、販売者の責任はありますので、逃げる訳には行きません。
お客様は、手っ取り早く購入したお店に言ってくるものだということかと思います。
これは、形のある物も無い物も、販売するという行為に必ず付いてくる責任だと考えます。