お節介になりますがシステムご理解ください

FBA出品
・amaFCへ購入者様は返品手続き
・セラーは間に入らずFCまかせ
・２重返金も昔は多かったです

セラー出荷
・返品現物確認後に返金手続
・送料問題は話で差し引き可能
規約では送料差引き（送料無料以外）返金
取りあえず送料差引き返金処理・・・トラブったら追加返金も可能です
・今回の不在ではありませんが、出荷でないカート取得者に問合せがある場合もございます
必ず、注文管理画面（注文番号）から返リクは受けるようにしてください

【出品者がやるべき事は何ですか】

・お客様に保管期限過ぎてお届け出来ませんでした
送料差引いて返金処理いたしました
・不在通知などは当方ではわかりかねますので、確認必要でしたら
ご確認ください
配送会社の不備や住所間違いなどは配送会社にお申しつけください

今回のようなケースのama処理は返金して終了です
お客様と話し合ってお互い良い方向に解決は求めているかもしれませんが
ルール通りの処理のみの対応でama販売はいいのです

お客様が自由に感じたことなので悪評価やマケプレ保証申請はあるかもしれません
商品特化ではなく届かない理由なので評価削除も難しいと思います
トラブル避けたいのでしたら全額返金してもいいですよ（自由です）

何を扱っているかわかりませんが、今回のようなことはネット販売上のリスクです
要期限食品扱っているセラー様は、何人も泣いているかと思います

お客様が納得できなければamaカスタマーサービスへ誘導してください