出荷通知の取り消しはできません。
その日のうちに出荷できるのなら、特に問題ありませんが出荷できないのであれば、お客様へ状況説明のメッセージを入れられてはいかがでしょうか？

ちなみに、異なる伝票番号や配送業者のお知らせを送ってしまっている場合は、正しい配送業者と伝票番号を入れて再通知を押せば、データは上書きされます。
ただ、この場合は２通お客様に通知が届きますので、２通目が正しい追跡番号である旨をメッセージお入れしておくと混乱が無いと思います